发病前期，在苗期每亩用土壤改良剂200克或复合微生物肥料1500克，按一定的稀释比例稀释后灌根，每棵灌200克；发病初期用菌克或高渗铜灌根，也可每亩用硫酸铜4公斤灌溉。用77%的可杀得可湿性粉剂或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液防治效果也不错。但均应提前防治，并在根基部和地表面进行喷淋或浇灌。定植时用抗枯灵可湿性粉剂600倍液、恶霉灵可湿性粉剂300倍液浸根10-15分钟，防效较好；或用多菌灵、抗枯灵配制成药土（每平方米用药10克，1/3下垫，2/3上盖）。定植后浇水时，随水加入硫酸铜溶入田中，每亩用量为1.5-2千克，可减轻发病。定植缓苗后，可用恶霉灵可湿性粉剂3000倍液或抗枯灵可湿性粉剂600倍液或抗茬宁每亩500克（单独用）开始灌第一次药，每株250毫升，每7天1次，连灌3次。西红柿根腐病发病初期可用3%广枯灵水剂1000倍液加70%纯品甲托可湿性粉剂1000倍液，或3%广枯灵水剂1000倍液加50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液，或3%广枯灵水剂800倍液的药液灌根，间隔用药期7-10天。西红柿根腐病发病期可用百泰（杀菌剂）1000-1500倍液加沃家福（促生根）1000倍液灌根，每株250克。