整个生育期间肥料的施用，应遵循促、控、促的原则，并且必须重视氮、磷、钾的配合施用。据试验，晚熟栽培慈姑，施磷肥50kg的田块比不施磷肥的田块增产15%，且球茎显著增大。慈姑对钾肥反应良好。施钾肥后不仅产量显著增加，而且质量提高，球茎大，皮青色带紫，无锈斑，无苦味，耐贮藏。在一般肥力土壤中以每666.7 m2施13 kg氯化钾为宜，钾肥要早施，并应与氮、磷相配合。早水慈姑一般在定植后10-14天，即成活后开始追肥，以促进植株生长，每666.7 m2施入20%左右的腐熟人畜粪水1500kg或碳酸氢铵30kg加尿素10kg，均匀施入，施后耘田与土壤均匀混合。到天气转凉，植株抽生匍匐枝时，应追施1次较重的肥料，以促进结球。此时新叶仍在生长，同化作用最强，植株吸肥量大，一般每666.7 m2施入腐熟的人粪尿2500kg或尿素30kg，另施草木灰100kg，对球茎膨大有良好效果。晚水慈姑由于生长期短，通常只进行1次追肥，多在定植后25-30天进行，数量与早水慈姑的结球肥相似。