百香果发生褐色病变可能是由多种病害引起的，包括褐腐病、叶斑病、疫病等。 褐腐病主要危害百香果果实，也可为害花器、枝梢和叶片。花器染病导致花腐，果实被害初期，果面产生水浸状淡褐色斑点，如环境适宜，病斑在数日内便可扩及全果，果肉也随之变黑软腐。 叶斑病主要危害叶片、嫩梢和幼果。在叶片上主要危害下表皮组织，形成病斑，病斑表面有一层白霉。在嫩梢上主要为害嫩叶和嫩梢，发病初期在叶脉间产生水渍状不规则形病斑，逐渐扩展成黑褐色大斑。 疫病叶片发病一般从叶尖叶缘开始，后迅速扩大，变成半透明状，然后变成褐色坏死状导致落叶；茎蔓上病斑容易向纵、横方向发展，深入木质部，形成环状坏死圈，导致整株死亡；果实上病斑深入果肉，导致软化腐烂，最终脱落。 这些病害的发生与多种因素有关，包括环境湿度、温度、土壤排水性、通风条件以及管理措施等。有效的防治措施包括加强栽培管理、合理施肥浇水、及时摘除病叶病果、冬季深翻果园等。在化学防治方面，可使用甲霜·霜脲氰、甲霜·锰锌、烯酰吗啉等药物控制疫病，使用80%代森锰锌可湿性粉剂750倍液等预防叶斑病。