修剪方法包括疏枝、短截和回缩等。幼树以整形为主，盛果期则以修剪为主。修剪时应注意保留中庸枝和内膛枝，以提高产量和品质。修剪时期主要在冬季和夏季进行，冬季修剪通常在12月中旬至早春萌芽前1个月期间进行。 移栽后的爱媛果冻橙树需要特别注意排水防涝，避免果园积水影响树木生长。修剪时应剪去过密大枝、细弱枝、交叉枝和病虫枝等，适量短截一年生枝条，培养结果母枝。