小香葱的病害主要有霜霉病、灰霉病、软腐病。 霜霉病 典型特征是潮湿时在叶片上产生白色绒霉，干燥时病斑变为枯斑。防治此病应掌握在发病前及时采用72%霜霉净可湿性粉剂500倍液，64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液喷防，在发病初期及时喷58%雷多米尔500倍液等药剂防治。 灰霉病 在保护地栽培条件下易发生此病。典型症状是病叶上产生灰色霉层。防治此病要注意通风降湿，发病初期及时用10%速克灵烟剂，每667米2（次）用250克烟剂或用5%百菌清粉尘剂或6.5%甲霉灵超细粉尘剂，每667米2（次）用1千克。露地生产上发生灰霉病时可喷洒50%农利灵可湿性粉剂1000倍液，40%多硫悬浮剂500倍液。 软腐病 受涝渍或湿度大时易发生，在发病初期及时喷洒50%DT800倍液、70%DTM或瑞毒铜600倍液、77%可杀得400倍液、硫酸链霉素、农用链霉素或新植霉素4000倍液。

紫斑病：清洁田园，轮作，合理追肥，注意排水，喷洒75%百菌清可湿性粉剂500倍液—600倍液或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液等，7天—10天喷洒1次，喷洒3次—4次。 　　葱锈病：施足有机肥，增施磷钾肥，施用敌力脱3000倍液或代森锰锌1000倍液或百菌清500倍液喷雾，10天喷洒1次，喷洒2次—3次。