金针菇瓶栽时料面出现红色霉层，通常不能继续出菇。红色霉层一般是链孢霉等杂菌污染，它们会快速繁殖，与金针菇菌丝争夺营养和生长空间，抑制金针菇菌丝生长，还可能产生毒素，导致菌丝死亡。而且杂菌污染后，培养料的理化性质改变，环境也不适宜金针菇出菇，即便勉强出菇，产量和品质也会严重受损。