1.及时做好隔离饲养、消除各种诱发因素，杜绝病原体传入和扩散。 2.疫苗防疫：血清学阳性的饲养场，要开始使用羊衣原体基因工程亚单位疫苗，后备母羊可以在配种前进行免疫注射，配种后三个月内加强免疫，以后每次配种后进行一次正常免疫；种公羊每年两次进行免疫；繁育母羊在每次配种后三月内进行免疫注射。 3.发生衣原体病流产时，要对流产母羊及其所产羔羊及时隔离、治疗。流产胎盘及排出物必须进行无害化处理。污染的圈舍、用具、场地、垫草、环境等可以用2%火碱溶液、2%来苏儿溶液或火焰喷射等进行彻底消毒。 4.治疗时选用广谱抗生素如强力霉素、罗红霉素、阿奇霉素、四环素和红霉素等，按照药物说明书进行治疗即可。