羊肚菌菌种在低温环境下可能会受到伤害，羊肚菌菌丝体最适生长温度为17～20°C，高于28°C菌丝日长速则直线下降，而地下菌丝体在早春1～2°C就开始生长。因此，如果房间温度低于1°C，可能会对羊肚菌菌种造成伤害甚至导致其死亡。若要保存羊肚菌菌种，应避免低温环境，选择适宜的保存方法以确保其活性和质量。