1- 穗轴发病时，会出现褐色或黑褐色病斑，病斑可沿穗轴纵向扩展，严重时导致病斑以上的小穗枯死，形成“半截白穗”，与小麦赤霉病白穗不同，其穗轴病斑无粉红色霉层。 ​ - 颖壳受害后，颖片上产生椭圆形或不规则形褐色病斑，边缘不清晰，病情加重时病斑会融合成大块褐变区，甚至延伸至颖壳基部，导致颖壳干枯变形。 2. 籽粒症状 - 病粒皱缩干瘪：籽粒发育受阻，外形干瘪、体积变小，表面失去光泽，呈灰暗色。 ​ - 籽粒变色腐烂：轻者籽粒腹沟或端部出现褐色、黑色小斑；重者整个籽粒变为褐色、黑褐色，甚至出现局部腐烂，胚部发黑坏死，失去发芽能力。 ​ - “黑胚粒”特征：部分病粒胚部形成明显的黑色病斑，这是小麦根腐病穗部危害的典型标识之一，会严重降低籽粒品质和商品价值。 3. 小穗整体表现 发病严重的小穗会提前枯黄，无法正常灌浆，结实率大幅下降；即使勉强结实，籽粒也多为秕粒、病粒，同时病穗易受其他杂菌侵染，加重腐烂程度。