牛病毒性腹泻的主要症状是剧烈水样腹泻，主要病变是‌：口腔、食道、胃及肠道黏膜‌出现糜烂、溃疡甚至坏死；食道黏膜‌的‌线状或“斑马条纹”样糜烂‌是本病的特征性病变‌‌；瘤胃和第四胃可能出现出血性或糜烂性炎症；小肠（尤其是空肠、回肠）绒毛萎缩，肠壁水肿增厚，肠系膜淋巴结肿大‌‌。

口腔、食道及胃肠粘膜糜烂、溃疡甚至出血；淋巴组织坏死；若持续感染则胸腺萎缩蹄叶炎。