公牛消耗大、配种无记录，易近亲繁殖，犊牛品质参差不齐；还容易母牛被追踢受伤，发情漏配、受孕率偏低。

牛自然交配的缺点大致有三点：一是个体之间体格差异过大，完成交配比较困难；二是本交配种数量少，一般情况下一头成年公牛年可本交60一80头母牛，养殖公牛既消耗草料还需要专人管理；三是容易传播生殖疾病。