青蒿茎腐病多因湿度大、积水引发，重点防积水、降湿度。 及时拔除病株，病穴撒生石灰消毒；用恶霉灵、甲霜·恶霉灵或枯草芽孢杆菌喷淋茎基部，5～7天一次，连喷2次。 避免田间郁闭，松土透气，减少茎基部受潮。

青蒿常见的菌类的病害有茎腐病，猝倒病，褐斑病，黑斑病等等。对于这些病害，要采取预防为主，综合防治措施。

青蒿的功效，一是清热解毒对黄疸性肝炎效果最好，二是退黄凉血，三是清热镇痛 等等