猪乙型脑炎的病理变化主要集中在中枢神经系统、生殖系统(尤其妊娠母猪/公猪)和全身出血败血样改变,其病变具有一定的特征性,但不绝对特异,需结合流行病学+PCR/血清学确诊。以中枢神经系统的病变最典型,脑膜充血、水肿,蛛网膜下腔积液增多;脑回变平、脑沟变浅,切面见脑实质充血、出血、坏死灶(小米粒至黄豆大,灰白或淡黄色),多见于大脑皮质、丘脑、脑干、小脑。脊髓颈胸段偶见出血、软化灶。
生殖系统病变,在妊娠母猪,表现为子宫内膜充血、出血、水肿,胎盘炎性坏死。死胎、木乃伊胎,胎儿脑水肿、皮下水肿、胸腔积液、腹水,胎儿肝/脾/肾点状出血,有的见坏死灶,公胎儿睾丸发育不全,流产多为后期,恶露不多,母猪本身全身症状相对轻。在公猪,表现为睾丸炎,单侧或双侧肿大,鞘膜积液,切面见出血、坏死、化脓或机化灶,后期萎缩变硬、失去配种能力。附睾、精索偶见炎症。
其他病变:全身淋巴结肿大、充血、出血,切面湿润;脾脏肿大、淤血,边缘偶见梗死;肝脏肿大、质脆、淤血,散在坏死点;肺脏:淤血、水肿,支气管性肺炎灶(继发感染时明显);心外膜、心内膜点状出血,心肌变性;肾脏:淤血、点状出血(似“麻雀蛋”),皮质偶见坏死;胃肠道黏膜充血、出血,以胃底、十二指肠明显;仔猪偶见关节炎、积液。