土壤严重被重金属污染，并经当地政府责令整治，说明己经很严重了（重金属是改癌物），处理这样的问题必须的合理、合法、合规，不能私自决定处理。建议你向当地农业部门和环保部门申请，组织专家论证，拿出处理意见。