南瓜花叶病毒主要通过种子传播，同时也可能通过蚜虫、甲虫等媒介传播。‌ 南瓜花叶病毒（WMV）和CMV均由蚜虫媒介传播，说明南瓜花叶病毒的传播途径之一是通过蚜虫。此外，南瓜花叶病毒还可以通过种子传毒，这意味着在种植南瓜时，从无病株选留种子是防止种子传毒的有效方法之一。除了蚜虫，黄条跳甲等甲虫也是南瓜花叶病毒的传播者，它们可以在短时间内获得病毒，并传播长达20多天。