田间发病多在鳞茎膨大期，1～2片外叶下部产生灰白色、半透明病斑，叶鞘基部软化后外叶倒伏，鳞茎颈部出现水浸状凹陷，不久鳞茎内部腐烂，汁液外溢，并散发出恶臭。贮藏期发病，多从颈部开始，手压病部有软化感，鳞片呈水浸状溶解，并流出白色带有臭味的汁液。洋葱软腐病特点为鳞茎颈部呈水浸状凹陷，并引起腐烂，病部发出恶臭，易与洋葱的其它病害区别。