菠菜茎枯病主要危害茎秆、叶柄，苗期至成株期均可发病。 发病初期，茎/叶柄出现浅褐色水渍状小斑，后扩展为长椭圆形至梭形病斑，颜色变深呈褐色至黑褐色，病斑稍凹陷、边缘清晰，表面会生黑色小点（病菌分生孢子器）。 病斑绕茎/叶柄一周后，患处缢缩变脆，上部枝叶因水分养分输送受阻发黄、萎蔫，最终整株枯死；叶片染病多从边缘或叶柄连接处开始，形成不规则褐色斑，严重时叶片干枯脱落。 高湿环境下病斑易腐烂，干燥时则干腐开裂，田间常成簇发病。